昆山海关成立于1993年11月，原为苏州海关驻昆山办事处，2000年4月获国务院批准，同年10月升格为正处级海关，成为中国大陆首个封关运作的出口加工区。2018年4月起原昆山出入境检验检疫局职能和队伍整体划入昆山海关，隶属于南京海关，目前内设20个正科级机构和1个中央事业单位，现有关（警）员195名。

建关30余年来，昆山海关始终切实筑牢国门安全防线，高效服务昆山开放型经济发展，秉持“忠诚无条件、创新无止境、奉献无悔憾”的昆山海关精神，以全省海关系统3%的人力，承担了约20%的业务量，逐渐成为政策创新的策源地、产业转型的试验田、外贸增长的发动机，推动“增值税一般纳税人”“全球维修”“整报分送”等数十个全国、全省首创落地昆山。

昆山海关坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，认真学习贯彻党的二十大、二十届二中、三中全会精神，深刻领会习近平总书记给红其拉甫海关全体关员重要回信精神，在南京海关党委的坚强领导和昆山市委市政府的正确指导下，坚持一张蓝图绘到底，一锤接着一锤干。2024年，在全国率先落地“优化账册监管模式”，物流效率提升30%；聚力放大开放平台能级，支持昆山试验区政策建议获海关总署支持；促进产业链供应链稳定，关区首个试点“供应链为单元”的风险管理模式，减少随机布控60%。

昆山海关协助开发区探索建设智慧综保区，将智慧城市、数字政府、智慧海关的治理内涵集成融合在昆山综保区，用无感的数据采集、大数据的治理思维，努力将综保区全要素数字化，构建“一张网、一片云、一个智慧大脑”的智慧生态。数字卡口、数字路网、数字企业、数字车辆等一系列的数字化智慧应用，共同汇聚成无感采集、多维共享、智能辅助的大数据云享平台，为企业提供更加透明高效的服务。

昆山海关依托综保区智慧管理平台，积极落实国家重大战略决策部署，充分释放特殊区域政策红利，擦亮“昆如意”服务品牌，不断优化口岸营商环境，在“激励干部敢为、服务地方敢闯、护航企业敢干、助推群众敢首创”方面发力，网上办事大厅、集中查检中心、咖啡产业便利通关措施、“一区多片、片区直通”等多项创新成果率先落地，有力推动了昆山开放型经济高质量发展。